Het overgrote deel van de natuurgebieden in de Maasvallei worden beheerd door Limburgs Landschap vzw, Natuurpunt, Natuurmonumenten en Staatsbosbeheer. Zij werken aan eenzelfde natuurbeeld, waarin de rivierdynamiek en de jaarrondbegrazing belangrijke processen zijn.
Belangrijke natuurkernen aan de Vlaamse oever zijn Hochterbampd-Herbricht, Oude Weerd en Biesweerd, Maaswinkel-Maesbempder Greend, Mazenhoven, Negenoord-Kerkeweerd, Boyen-Veurzen (stroomdalgraslanden) en Bichterweerd, Koningssteen-Kollegreend en het Vijverbroek. Het unieke Kraaienbosje in Maasmechelen, 1 ha groot, wordt door ANB beheerd en is het enige hardhoutooibos(je) dat Vlaanderen rijk is, bekend om zijn voorjaarsbloeiers.
Aan de Nederlandse oever gaat het om struinnatuur rond Borgharen-Itteren en ‘Aan de Maas’ tussen Geulle en Elsloo, Meers-Maasband (grindeilanden, grasland, ooibos), Nattenhoven, Trierveld, Roosteren-Visserweert, de Molenplas een aantal andere kleinere grindplassen. In het noorden ligt het grensoverschrijdende gebied Koningssteen-Kollegreend wat door Limburgs Landschap en Natuurmonumenten samen beheerd wordt. In welbepaalde gevallen wordt nauw samengewerkt met de lokale agrariërs, zoals in Eiland in de Maas of Boyen-Veurzen.
De natuurkernen kennen via beekdalen, groene stapstenen en open ruimte verbindingen een samenhang met gebieden als het Bunderbos, het Nationaal Park Hoge Kempen en het GrensPark Kempen~Broek.
Door een aantal pilootprojecten van ARK vanaf de jaren 1990 werden in heel wat beheerplannen keuzes gemaakt voor een vorm van procesnatuur waarin rivierdynamiek en natuurlijke begrazing leidend zijn en minimaal, doch net zoveel als nodig voor de variatie in soorten en inrichting, wordt bijgestuurd.
